Die höhere Mädchenbildung in Papenburg begann um 1835, als Julia Brabant aus Neuenkirchen mit rund 20 Schülerinnen eine kleine Schule in der „alten Herberge“ eröffnete. Bis 1876 lag die Aufsicht beim Bischof von Osnabrück, ab 1879 prägte Anna Deitmer für 37 Jahre die Schule als Leiterin.
1915 übernahmen die Ursulinen aus Haselünne die Schule und unterrichteten ab 1916 am Hauptkanal – zunächst 58, später rund 100 Schülerinnen. Unter dem Nationalsozialismus wurde die Schule 1938 zwangsweise geschlossen; erst 1946 durfte sie als private höhere Mädchenschule wiedereröffnen. 1954 erhielt sie mit 196 Schülerinnen die staatliche Anerkennung.
1955 übernahmen die Franziskanerinnen von Thuine die Leitung und benannten die Schule in „Marienschule“ um, die sich zum Progymnasium und schließlich zum vollständigen Gymnasium mit eigener Oberstufe entwickelte. 1961 wurde der erste Neubau eingeweiht, 1968 die ersten Abiturientinnen entlassen.
Aus der Frauenoberschule ist das heutige Mariengymnasium Papenburg geworden: ein Gymnasium in freier Trägerschaft der Schulstiftung im Bistum Osnabrück, das seine über 190-jährige Tradition mit einem modernen, offenen Schulleben verbindet.